自治医科大学医学部には、入学者全員に対して、入学金など学生納付金を貸与する修学資金貸与制度があります。
　入学者は全員修学資金貸与規定の定めるところにより貸与契約を締結し、修学資金を借り入れ、納入することになっています。
　この貸与金は、大学を卒業後、引き続いて出身都道府県知事が指定する公立病院などに医師として勤務し、その勤務期間が修学資金の貸与を受けた期間の2分の3に相当する期間（その勤務期間のうち2分の1は、知事が指定するへき地等の指定公立病院などに勤務する）に達した場合は、返還を免除されます。ただし、この条件を成就しなかった場合には、貸与金に所定の率を期間に応じて乗じて得た額を加えた合計額を一括して返還しなければならないことになっています。

　修学資金の額は下表のとおりです。