本学のシンボルマークを中心に、50thの文字を背景に据え、さらに対を成すように「JICHI」の頭文字「J」と日本列島を想起させるデザインを配置しました。
「J」のグラデーションカラーはキャッチフレーズ「医療の谷間に灯ひをともす」の灯を示唆するものです。
地域と共にあり続けてきた本学の歴史の積み重ねと変わらぬ姿勢を表現しました。

自治医科大学は、医療に恵まれない地域の医療を確保し、地域住民の保健・福祉の増進を図るため、医の倫理に徹し、かつ高度な臨床的実力を有し、更に進んで地域の医療・福祉に貢献する気概ある医師を養成するとともに、併せて、医学の進歩を図りひろく人類の福祉にも貢献することを建学の精神とし、これまで邁進してきました。
校歌にも謳われる「医療の谷間」とは、1972年の開学当初は山間へき地や離島、過疎地など、専ら十分な医療が届かない地域を指していました。しかし人口の高齢化と偏在が深刻化する現代、都市群の医療難民も顕在化しています。
また、難治療とされてきた疾病に対する先端医療への期待も高まり「医療の谷間」が意味する領域は、拡大かつ多様化してきました。
こうした社会構造の変化や医療に向けられた社会的要請に応えるため、自治医科大学はこれからも「医療の谷間に灯ひをともす」に真摯に向き合っていきます。