第1コホートの追跡が終了し、2010年から第2コホートを開始している。第1コホート研究から約20年経過し、時代変化を　観察でき、現時点でのリスク評価が可能となることから、第1コホートと同様に、一般住民を対象に健診の場を利用してベースラインデータの収集を行い、脳卒中、心筋梗塞および死亡の追跡調査を行っている。ゲノムを検体保存し、追跡終了時にSNPs解析を行うことによりゲノムコホートとしての位置づけもある。
健診の方式は、地域によって集団検診と診療所や病院で行っている個別健診とがあるが、どちらの方式でもベースラインデータの収集している。平成29年度には、鳥取市佐治診療所での登録を行っているが、集団検診方式ではなく、診療所での健診枠を設定して実施している健診で、そちらに相乗りさせていただいている。