大学病院として高度な専門性・先進性を保ちつつ、初期診療から始まり、手術的治療、術後全身管理、放射線・化学療法、リハビリ、外来follow upなど患者さん本位の一貫した脳神経外科診療を幅広く経験できるのが当科研修の特徴です。

病棟では、成人3チーム、小児班、血管内班で診療にあたっています。1チーム2〜3人体制で、原則的に各チームのオーベン（指導医）が研修医のトレーニングの責任を持ちます。各チームが各々の患者の主治医となり、その患者さんの手術にはそのチーム全員が入ります。（教授が入ることもあります。）

救命救急センターには頭部外傷や脳血管障害の患者さんが日夜搬入され、脳外科的救急疾患を初期治療から経験することができます。

まずは、脳神経外科専門医を取得することが目標となります。1〜2年目（医師3〜4年目）は自治医科大学附属病院の病棟担当医として、診療・基本手技を学びます。3〜4年目（医師5〜6年目）の間の1年間は関連病院に派遣されます。大学病院とは病院の雰囲気や患者層も異なっており、ここで第一線の脳神経外科医に必要な手術手技を習得します。5年目（医師7年目）には専門医試験を受けることが可能になります。難易度が高いと言われている試験ですが、我々の医局では毎年大変優秀な合格率を示しています。